Năm 1644, sau khi nhà Thanh thống nhất toàn bộ Trung Quốc, hai vương tử được trở về Triều Tiên. Con trai đầu của Nhân Tổ, Chiêu Hiến Thế tử đã mang nhiều tư tưởng mới từ các nước phương Tây như Thiên chúa giáo, và đề nghị vua Nhân Tổ cải cách, trong đó có việc hy vọng biến Triều Tiên thành một quốc gia Thiên Chúa giáo.

Tuy nhiên, Nhân Tổ và quần thần không chấp nhận các ý kiến đó và thi thể của Thế tử được tìm thấy trong phòng của nhà vua với một vết thương nặng ở đầu. Nhiều người đã cố gắng tìm hiểu nguyên nhân, nhưng Nhân Tổ ra lệnh mai táng nhanh chóng, sau đó ông buộc tội phản nghịch cho vợ của Thế tử là Mẫn Hoài tần cung Khương thị (愍懷嬪宫姜氏) và ra lệnh xử tử bà. Cái chết của vợ chồng Thế tử lúc đó làm nhiều người nghi ngờ có liên quan đến Triệu Quý nhân là người luôn có hiềm khích với Mẫn Hoài tần vì tham vọng đưa con mình lên làm Thế tử. Phượng Lâm Đại quân Lý Hạo, người cũng trở về từ Trung Quốc, được chỉ định làm Vương thế tử mới, sau này trở thành Triều Tiên Hiếu Tông.

Năm 1649, ngày 17 tháng 6 (tức ngày 8 tháng 5 năm Kỉ Sửu), Triều Tiên Nhân Tổ qua đời tại Xương Đức cung, hưởng thọ 53 tuổi. Ban đầu miếu hiệu của ông là Liệt Tổ (烈祖), sau đổi thành Nhân Tổ.